В 2000 году Эклс ушёл из сериала «Дни нашей жизни», чтобы сняться в мини-сериале «Блондинка», повествующем о жизни Мэрилин Монро. Он также проходил прослушивание на роль Кларка Кента в сериале «Тайны Смолвилля», но эта роль досталась Тому Уэллингу. В 2001 году Дженсен снялся в телесериале Джеймса Кэмерона «Тёмный ангел» (телеканал Fox) в эпизодической роли Бена/Х5-493, психопата и серийного убийцы, «брата» главной героини Макс/Х5-452 (в исполнении Джессики Альбы). Его персонаж погибает, но Дженсен возвращается во втором сезоне в роли близнеца Бена — Алека/Х5-494 и остаётся в сериале до его отмены в 2002 году.
2003 год стал для Эклса плодотворным. Он присоединился к актёрскому составу популярного сериала телеканала WB «Бухта Доусона», где сыграл роль Си Джея, возлюбленного Джен Линдли. После этого Дженсен снялся в нескольких эпизодах так и не вышедшего в эфир телесериала «Спокойная жизнь» телеканала Fox перед тем, как его съёмки неожиданно прекратили. Он также снялся в небольшой роли в короткометражном фильме 2004 года «The Plight of Clownana». Эклсу предлагали роль возлюбленного Элайзы Душку во втором сезоне сериала «Вернуть из мёртвых», но в 2004 году он вернулся в Ванкувер (где проходили съёмки «Тёмного ангела»), чтобы сыграть роль Джейсона Тига, возлюбленного Ланы Лэнг (в исполнении Кристин Кройк) в телесериале «Тайны Смолвилля». В 2005 году Дженсен сыграл главную роль в фильме «Пожиратель душ» вместе со своим отцом.
производства компании «Warner Brothers», в котором также в главной роли снялся Джаред Падалеки.